岛上的第一批移民建造了世界上最古老的人造的独立结构—Ġgantija（吉干提亚神庙）。公元前3800—2500年，石器时代的建筑师们赋予了马耳他岛和戈佐岛很多浮雕设计，现在都可在寺庙或者国家考古博物馆里看到。这些远古的建筑都用巨大的石块建成，散布在马耳他岛上的哈加琴姆、穆那德利亚、哈尔、萨夫列尼以及塔尔申等地区的村落中，虽大多已在悠久的岁月中坍塌，但基本结构仍较完好。这些巨石建筑气魄非常宏大，所用的石灰石有的雕凿粗糙，有的琢磨光滑。其建筑物本身有的墙上有粉饰，有的还看得出来当年的精细雕刻。在这些巨石建筑遗迹中，考古学家们发现里面有黝黑的凹室，看起来很像神龛，还有平滑的石块酷似祭坛，猜测它们是一些祭祀用的建筑，所以就把这些建筑物称做神庙。
 

坐落在马耳他岛屿上的哈加琴姆神庙也是用巨石建成，是当时建筑技术的极品，也是最复杂的巨石遗迹之一。考古人员发现，这里很多石头的位置都是精心安排的，似乎有着令人难以理解的宗教意义。其中一块长达660米用做铺路石的大石板，是马耳他群岛所有的神庙中最为巨大、也最令人瞩目的超巨型石块。在这座巨石神庙中，人们可以看到，在通往神殿门洞内的两侧，有一些用巨大的石块做成的“石桌”，这些“石桌”到底是祭台还是柱基，至今仍未定论。在这座神庙中，考古学家还发现了多尊母神的小石像，有人据此估计这座神庙与当时的母神崇拜有关。
 

穆那德利亚神庙俯瞰地中海，其扇形的基本构造因峭壁的掩遮，而减少了风化的侵蚀，保存得相当完整，非常清晰地呈现出马耳他巨石建筑的特征。这座庙宇大约建于4500年前，它又被称为“太阳神庙”。有人仔细测量了这座神庙后提出，这座庙宇实际上是一座远古时代的“太阳钟”。根据太阳光线投射在神庙内的祭坛和石柱上的位置，可以准确地显示夏至、冬至等一年中的主要节令。直到现在，这些神奇的功能依然存在。这又引发了人们新的猜测：4500年前，神庙的建造者们怎么能有那么高深的天文学和历法知识，能够周密地计算出太阳光线的位置呢？
 

马耳他建筑受到地中海文化和英式文化影响。

马耳他全国正在进行大规模的整修活动，目前几个大型建筑项目，如Smart-City、M-Towers和Pendergardens都在建设之中；瓦莱塔和Tigne等老城区也在翻新。